I Gesuiti mantengono il collegio fino al 1773 e con loro l’educazione si incentra su logica, retorica e grammatica. In seguito gli Asburgo si impossessano della struttura. Inizia quindi una contesa con il Comune di Monza, che dura fino al 1819, quando viene aperto il Ginnasio, che passa poi nelle mani dei padri Barnabiti; si alternano così diverse fasi, legate ai diversi passaggi di proprietà dell’Opera Zucchi, alla quale fa capo la scuola. Il Collegio chiude con la nascita del Regno d’Italia, riaprendo tuttavia già l’anno seguente: nasce il Civico Ginnasio Pareggiato Zucchi. Alla fine dell’Ottocento assistiamo alle prime iscrizioni femminili, che subito superano quelle maschili. Nel frattempo, la vita liceale assume le tipiche caratteristiche, comprese le gite e le “note” di comportamento.

Nell’istituto studiano uomini come Carlo Porta, Carlo Cattaneo ed il futuro papa Achille Ratti. Nel 1920 viene rinnovata la didattica con l’aggiunta di materie scientifiche e i docenti vengono invitati a non usare con i ragazzi epiteti scortesi che potrebbero essere male interpretati dalle famiglie. Dal 1934 i professori devono mostrare il distintivo fascista e gli studenti che partecipano alle riunioni fasciste devono essere trattati con riduzione di programma di studio. Conclusasi la I guerra mondiale, si dedicano alcune aule agli ex-studenti caduti in guerra e dal 1939 la cultura militare è materia con voto. Anche nei decenni successivi, il Liceo prosegue la sua attività, partecipando alle diverse fasi della storia italiana.