L’edificio attuale poggia le sue fondamenta sulla chiesa di San Francesco, della quale sopravvivono alcune testimonianze architettoniche.
Questa chiesa fu probabilmente il primo insediamento francescano a Monza e risale al 1260-1270 circa.
La struttura della chiesa era molto semplice, a 3 navate. Dalla navata di destra si accedeva al chiostro ed al convento. L’interno era essenziale, con pavimenti in lastre di terracotta, due file di sei colonne per lato e pareti decorate con affreschi molto semplici. La facciata invece, presentava un grande rosone e un portale centrale contornato da colonnine di marmo.

Nel 1784, a Monza, fu ordinata la soppressione dell’ordine francescano e la chiesa di San Francesco, che era comunque già stata trascurata, decadde definitivamente.

La scuola presenta ancora oggi elementi architettonici della chiesa francescana. Nel porticato interno sono state trovate colonne con tracce visibili di pittura, alcune colonne della chiesa sono ancora visibili ed i loro basamenti sono ancora inseriti nella pavimentazione originale e frammenti diversi di muratura sono esposti nel Liceo.
Alla fine del XVIII secolo (1784) il convento fu soppresso ed adibito a sede del nuovo ospedale di Monza creato durante la riforma sanitaria del governo di Maria Teresa d’Austria. Dopo il trasferimento dell’Ospedale presso la sede di San Gerardo, l’edificio ospitò un seminario arcivescovile.

Il palazzo rimase sede del seminario fino agli anni Trenta del secolo scorso. Nel 1937 il podestà di Monza acquistò l’edificio, che venne ampliato e ristrutturato. Esso diventa così la sede definitiva del liceo, che da allora inizia ad ospitare sia il corso ginnasiale che quello liceale.
Nel dopoguerra la struttura viene ampliata ulteriormente, per soddisfare la grande crescita di iscrizioni tra gli anni ‘60-‘70. Seguono altri piccoli interventi di manutenzione ed un’importante rivalutazione delle tracce della chiesa di San Francesco: nel 1981 il comune di Monza interviene sistemando il cortile, ridando i colori ai fregi e riportando alla luce fuori dalla muratura alcune colonne della primitiva chiesa di S. Francesco.